X протокол сложный в реализации, там сложные концепции и инфраструктура (font server, windows manager), сервер управляет ресурсами и конфигурацией приложений. Также X требует специального программирования, то есть нельзя взять какой-нибудь vi/doom/gnuplot/autocad и без модуля адаптации X протокола использовать. Альтернатива RDP проще (и поэтому надёжнее), позволяет превратить любую СУЩЕСТВУЮЩУЮ граф.программу в удалённую.

То, что иксы имеют недостатки, в общем-то широко извество, именно поэтому люди писали NEXT step, openGL и прочие библиотеки графики. Да, можно было завернуть winGDI в X... только вспомните объёмы памяти на тогдашних серверах. Насколько помню, шиком 1997 года был 386 с 4 Мб памяти, из которых линукс занимал 0,5, а иксы ещё 1,5 Мб. Маловато оставалось.