Есть одна правильная система: Windows. В ней есть два варианта установки программ: путём копирования в папку ... (да куда угодно, где место и права позволяют) или через инсталлятор (второй случай - если нужны какие-то библиотеки (или доп действия)).

И, в принципе, никаких проблем. :-)