Логика разработчиков жабы примерно такая: "у нас нет прав обновлять системные таблицы таймзон, а админы отрицают обновления, поэтому делаем свои".
Логика разработчиков org.joda.time: "jdk обновлять запрещено админами, потому что сломается чей-то софт, а работать как-то надо - поэтому мы таскаем с собой свою таблицу таймзон"