А что, наличие в репе мусорных веток для экспериментов сильно мешает?
(лично мне проще иметь единый репозиторий, чтобы все-все-все изменения были во всех клонах - просто чтобы не думать, чем клоны различаются, и за это я готов платить наличием в репе мусора... особенно с учётом того факта, что я в один клик могу спрятать из истории всё, кроме предков текущего head)

Ну а насчёт бардака - соглашусь с besm6: не инструмент виноват. Можно не иметь никакой "двойной бухгалтерии" в репе - и выпускать релизы с наложенными патчами, к примеру.
Git вполне позволяет делать всё нормально, а то, что какое-то поведение не отсекает - это решается или административно, или демонами (ну в смысле сборка релиза из выделенного репозитория, push в него проходит через автоматизированные проверки)