1) Слишком простой в эксплуатации - используется в дешевых проектах, никто не думает что нужен DBA, ставят на бытовые компы. Когда это кусает за жопу - начинают бузить что "плохой сервер".
2) Наследственные болезни от Interbase - бинарные бэкапы, неумение в нормальные логи, изредка сервер может убить свою же базу в процессе работы, не совсем подконтрольная сборка мусора (MVCC).
3) Самоизоляция и неадекватность комьюнити, в котором половина русские, вторая половина - бразильцы.

Т.е. сервер крайне удобен для разработки, но не очень - для эксплуатации. Хотя лично у меня он используется достаточно массово, надо просто бить по рукам эникеев клиентов, когда те на каждый чих вместо корректного изучения проблемы начинают рестартовать сервера.