Наличию юнит-тестов необходимо в случае если речь идет о том, чтобы вычищать код который очень тесно переплетается с реально работающим.

В случае если код используется только в ветке if которая никогда не отработает и это можно легко доказать простым анализом кода, то такая чистка достаточно безопасна. Но бесспорно, если есть юнит-тесты оно то завсегда лучше.

Впрочем, это никак не относится к вопросу "руками или автоматикой". Автоматика тоже может иметь ошибки и тоже может удалить что то лишнее. Или не удалить чего то что стоило бы.