Ну стандартные случаи с автоконфом пакуются cdbs'ным шаблоном довольно таки влет (не факт что их в таком виде возьмут в дистр, но для внутреннего употребления сойдет)
Для перловки с CPAN есть dh-make-perl, для питонизмов -- python-stdeb -- делают пакеты использую имеющиеся метаданные для перла/питона.

Главное, что это безобразие потом корректно заменится на штатные пакеты, когда они появятся.