из консоли при mv значительно быстрее происходит, чем из mc/чегонибудьгуевое - отрисовка жутко тормозит процесс, вроде у ребе белнетмона был пост про видеокарту

попробовал переместить дерево портов (130 тыс файлов)
slayer # find /usr/portage -type f |wc -l
129364

сбросил файловый кэш:
slayer # echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

с ext4 на reiser3, с обнуленным кешем:
slayer # time mv /usr/portage /home/
real 11m54.194s
user 0m1.896s
sys 0m55.675s

обратно, кеш не трогал:

slayer # time mv /home/portage /usr/

real 4m13.231s
user 0m1.211s
sys 0m30.927s