> Прога свалится при запуске и можно будет пофиксить. А не через месяц работы, когда бухгалтеру придет в голову открыть какой-нибудь очень редко используемый отчет.

Тю, заведите себе табличку Version и храните там версию схемы базы. Можно ещё что-то хранить, если нужно. При запуске проверяете. Если умеете делать upgrade на лету - делаете, если нет, либо база новее чем ожидает приложение - ругаетесь благим матом.