Итак, предположим что у компилятора есть ключ меняющий расположение vptr в объекте. Ничего криминального в этом нет
Да

НО! Будете ли вы спорить с тем фактом (имхо аксиомой), что все исходные тексты программы и используемых статических библиотек должны быть:

- или скомпилированы с одинаковой установкой этого ключа компилятора
- или каждое объявление класса должно предваряться некой специфической #pragma, указывающей компилятору, где именно хранится vptr в объектах этого класса

?
Аксиома верная, но спорить буду (не с ней).
Если ты включил MFC || ATL, то ты получил:
1) Ровно 1 (одну) реализацию компилятора
2) Жутчайший гемморой со сборкой и использованием сторонних библиотек.