Не всегда. Когда прикладная задача требует версии пакета Y, а в стабильном дистрибутиве версия X < Y, то может возникнуть и необходимость ручной досборки нужной версии. Но, в любом случае, администратор уже знает, в каком месте могут возникнуть грабли, и будет готов их исправить.