В любом случае операция "проверить остаток и выполнить его списание" должна быть атомарной, т.е. блокировка этой сущности по которой остаток на время операции будет. Почему это нельзя сделать тремя запросами (а не 1000) - блокировка, проверка остатка, списание - не очень ясно. И почему эти запросы обязательно выполнять из SP в СУБД, а не из сервера приложений - тоже не очень понятно.